Kewujudan Universiti Islam Pahang Sultan Ahmad Shah (UnIPSAS) yang dahulunya dikenali sebagai Kolej Universiti Islam Pahang Sultan Ahmad Shah (KUIPSAS) adalah merupakan titik tolak pertama ke arah pembangunan dan kemajuan pendidikan tinggi Islam di negeri ini. Sejarahnya bermula pada 27 Ogos 1996 apabila Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri Pahang meluluskan idea penubuhannya. Buat permulaannya, UnIPSAS menampung keperluan saluran pengajian tinggi bagi pelajar-pelajar lepasan sekolah menengah agama negeri untuk melanjutkan pelajaran mereka di institusi pengajian tinggi. Pengambilan kumpulan pelajar pertama seramai 67 orang telah dimulakan sebaik sahaja menerima keputusan daripada Kementerian Pendidikan Malaysia.

Universiti yang cukup sinonim dengan KDYMM Sultan Pahang, Sultan Ahmad Shah Al-Musta‟in Billah Ibni Almarhum Sultan Abu Bakar ini telah dirasmikan oleh Baginda pada 16 November 2000 bersamaan 19 Syaaban 1421H. KDYMM Sultan Pahang menjadi simbol dan lambang kegemilangan Universiti ini di negeri Pahang.

Mulai April 1998, UnIPSAS berdaftar sebagai sebuah institusi pendidikan tinggi swasta dan bernaung sepenuhnya di bawah anak syarikat kerajaan negeri, Sistem Pendidikan Islam Pahang Sendirian Berhad (SPIPSB). UnIPSAS yang menawarkan peluang pengajian peringkat diploma ini telah mendapat kelulusan Kementerian Pendidikan Malaysia pada tahun 1996. Ini bermakna Kerajaan Negeri memberikan komitmen yang padu terhadap UnIPSAS terutama menerusi geran peruntukan tahunan. Universiti ini dibina di atas tanah seluas kira-kira 41 ekar melibatkan perbelanjaan sebanyak RM41 juta meliputi bangunan pentadbiran, bangunan akademik, perpustakaan, blok-blok asrama pelajar, kafeteria, dewan besar, kompleks sukan, rumah kediaman Presiden dan blok-blok kediaman pensyarah/staf dan telah siap dibina pada Februari 2000. Seluas 503 ekar tanah juga telah diperuntukkan oleh kerajaan negeri Pahang bagi menampung perkembangan pembangunan dan sebagai aset kepada UnIPSAS. Manakala terdapat sebuah masjid bernilai hampir RM10 juta yang turut menjadi mercu tanda kebanggaan Universiti ini.

Tahun 2013 merupakan tahun ke tujuh belas penubuhan UnIPSAS, dan ini menandakan sudah lebih dari sedekad Universiti ini telah memacu kecemerlangan pendidikan tinggi Islam di negeri Pahang dan mengeluarkan sumber modal insan yang berkualiti dan bertepatan dengan aspirasi pasaran kerjaya.

Sebagai langkah awal, UnIPSAS telah menyahut saranan Ahli Lembaga Pengarah dan Lembaga Pengurus Sistem Pendidikan Islam Pahang agar membuat kerjasama dengan institusi pengajian tinggi awam dan swasta.

Kerajaan Negeri telah berkenan melantik Kebawah Duli Yang Maha Mulia Sultan Pahang sebagai Canselor Pertama UnIPSAS dan Majlis Istiadat Pemasyhuran Kebawah Duli Yang Maha Mulia Sultan Pahang selaku Canselor Pertama UnIPSAS telah diadakan pada 25 Februari 2016. Manakala Menteri Besar Pahang dilantik sebagai Pro-Canselor UnIPSAS.